联川群体遗传高手公开课问答锦集 | 群体遗传

3月1日，我们遗传群体资深产品经理许语辉博士带来了《功能基因精细定位和候选基因筛选新策略》线上培训课程，错过的老师扫描下图中的二维码即可回看

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由于同时在线提问，有部分老师的问题未来得及第一时间解答，于是我们将问题进行了收集整理，给出了解答。

问题1：转录组测序结果获得非同义突变基因，用Q-PCR能验证吗

答：qPCR验证的是表达量，但是没法验证SNP位点。

问题2：能详细说一下动物F1群体定位的策略吗？

答：动物受限于群体构建的限制，进行基因定位会有一定的难度。F1群体主要在水产类物种中，通过遗传图谱或者BSA能实现性状的初定位，部分可能实现精细定位。当然，也可以通过转录组等其他策略联合分析。哺乳动物、家禽、家畜往往会构建F2群体或者半同胞家系进行GWAS关联分析定位。

问题3：香气候选基因怎么验证？

答：香气候选基因验证也属于基因验证的范畴，因此本次直播的遗传学验证和分子功能验证同样适用。具体请参考PPT里的内容或者案例。

问题：4编码区的非同义突变也会影响基因的表达么？

答：非同义突变会引起氨基酸编码的改变，如果这些改变和性状有关，那么其表达也会产生影响，这也是候选基因筛选中和转录组联合分析的理论基础。当然，也有一些非同义突变不会影响基因表达的案例，这些非同义突变可能和性状的casual基因存在上下游的关系。

问题5：能简单介绍下亚细胞定位吗？

答：亚细胞定位是用来研究目标基因的蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。多通过构建含荧光report基因的表达载体转化洋葱表皮细胞进行。

问题6：想了解一下农业动物F2群体上的精细定位策略和方法。

答：农业动物F2群体是进行性状定位的群体，但是农业动物一般很难通过F2实现精细定位，高代群体构建也较困难，所以多采用和自然群体GWAS相结合的办法进行精细定位。

问题7：做番茄的病毒抗性基因，F2群体使用在2000株的时候用SSR标记大概可以定位到多大的区间？

答：2000个F2单株的番茄群体，经验上来说，其重组交换事件在4000-8000之间，定位的区间大小受限于SSR标记的数量，如果能全部捕获到这些重组交换事件（需要SSR标记至少4000对），实现精细定位的可能性还是非常大的。但是4000对SSR标记工作量会异常大，这种情况，建议通过基于重测序BSA的策略进行，具体请参考番茄Cf-10基因的定位策略。

问题8：精细定位必须要构建遗传群体吗？可不可以完全通过多组学联合分析来获取想找的功能基因？

答：一般精细定位的概念就是针对遗传群体的。多组学联合分析也是可能筛选到目标基因的，在拟南芥等物种中有相关的报到。

问题9：酵母进行qtl定位，除了使用f2群体，还有必要使用其他群体吗？

答：酵母基因组较小，一般F2群体就能做QTL定位了。如果群体数量较大，精细定位也非常有可能。针对酵母这种物种，有一种NGM的定位方法，也是做得BSA混池，具体操作请参阅相关文献。

问题10：联合分析的gwas群体和之前初定位的f2群体的双亲之间，有性状的联系吗？

答：性状的连锁分析和关联分析共定位，必须是要针对同一个性状。

问题11：黄瓜初定位的 bsa 每个池最少多少个个体？

答：混池有个原则，极端个体的混池量越多越好。混池量越多，精细定位的可能性越大。根据联川生物的项目经验，最低的混池规模为30+30.

问题12：苹果BSA混池大小多少合适呢？

答：同上黄瓜的混池量。

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